国家卫生健康委《新型冠状病毒肺炎诊疗方案（试行第七版）》明确，新冠病毒核酸检测、血清特异性抗体检测结果和胸部影像学改变，是病例诊断和出院的重要判断标准。
其中，核酸检测的“假阴性”问题备受关注，有专家曾反映，新冠病毒核酸检测存在阳性率低、有的病例重复检测多次阴性后出现阳性结果、咽拭子标本多次检测阴性但最后在呼吸道灌洗液标本中检测出阳性结果、CT影像筛查出现新型冠状病毒肺炎特征但核酸检测阴性等问题。
核酸检测“假阴性”的问题需要得到足够的重视。北京协和医院党委书记、生命中心临床PI张抒扬认为，核酸假阴性涉及多方面问题：
1. 患者病程
不同病程期间，患者机体中的病毒载量不同。例如感染初期，患者自身携带病毒载量较低，可能造成检测“假阴性”。患者逐渐康复后，病毒载量也逐步降低，此时核酸检测阳性率随之下降。但目前报道有出院患者多次检测阴性后“复阳”的情况。这不一定是前几次检测结果的假阴性。此时患者是否存在间歇性排毒、另外是否仍具有传染性，仍需进一步临床观察与数据总结。
2. 采样部位
人体不同部位病毒载量具有差异是被广泛认知的。根据目前临床报道和科学研究，下呼吸道标本，例如吸痰、支气管肺泡灌洗液等标本中，病毒载量高于上呼吸道标本，包括临床最常采用的口咽拭子、鼻咽拭子等。另外目前报道，即使是上呼吸道标本病毒载量也有所差异，目前认为鼻咽拭子取样优于口咽拭子。因此我国新冠诊疗方案、以及世界卫生组织建议中，均推荐在可能的情况下采集下呼吸道标本进行检测。然而，新冠病毒感染患者初期主要是干咳，而在发热门诊等一线进行肺泡灌洗等有创操作并不实际，所以目前临床主要还是使用上呼吸道拭子标本进行筛检。
3. 采样准确性
鼻咽、口咽拭子采集，均需取到较深部的上皮细胞，才可能检测到病毒存在。但在一线工作负荷大、防护压力大、应急人员培训不足的情况下，对取样质量可能存在很大影响，例如采样深度不够、力度不够；同时，包括医疗机构使用的采样拭子是否合格，都可能会影响采样准确性。如果采样不准确，必然会导致检测结果“假阴性”。
4. 检测试剂盒质量差异
虽然国家已应急审批了多种核酸检测试剂盒，但由于大部分产品属于应急研发，并未经过既往严格的体系优化与性能验证，因此检测试剂盒的质量一定有所差异。我们协和医院检验科在此做过一些评价，特别对于上述提到因各种因素，标本中病毒载量较少的情况，部分试剂盒检测性能不很理想，可能产生“假阴性”。
5. 其他影响因素
例如为保证生物安全，医疗机构实验室在核酸检测前需要对标本进行56摄氏度30分钟以上的灭活处理。这对标本中的病毒核酸含量可能产生降解等影响。但现有一些研究评价表明，目前使用的灭活操作影响不是很显著。
张抒扬表示，目前从临床到科研，都在尽力通过规范操作、试剂改良等方式探寻解决核酸检测“假阴性”的解决方案。此外，包括抗体检测等方法投入使用，可以与核酸检测形成互补。当然，在临床一线，结合临床表现、流行病学史、以及其他检验及影像学等指征，也可以帮助临床进行病例的临床诊断。