中国科学院上海巴斯德研究所和北京大学等机构的研究人员，合作分析了新冠病毒的起源与持续演化。研究发现，虽然基因组分析表明，新冠病毒最接近云南中菊头蝠携带的RaTG13，但它们在中性位点上的差异远高于此前的认识，而且新冠病毒已分化出了两个亚型。相关论文3月3日刊登于《国家科学评论》。
研究人员调查了新冠病毒和其他相关冠状病毒的分子差异程度。结果发现，虽然新冠病毒和蝙蝠SARS相关冠状病毒（RaTG13）之间的基因组核苷酸只有4%的变异，但两者中性位点的差异为17%。这表明这两种病毒之间的差异比之前估计的要大得多。
该研究结果表明，新冠病毒和穿山甲SARS冠状病毒的突刺蛋白受体结合域功能位点之所以出现新变异，除了重组外，还可能是由突变和自然选择引起的。
研究人员还对103个新冠病毒基因组进行了群体遗传分析。研究人员发现这些病毒株已发生了149个突变点，而且大多数衍生突变是单基因突变。这表明它们要么是最近发生的，要么是种群增长的结果。
此外，新冠病毒可能已经进化出了两种主要亚型——L亚型和S亚型。这两种类型由两个不同的单核苷酸多态性（SNP）明确定义。这表明到目前为止已测序的病毒株之间几乎都有联系。
虽然L亚型（占比约70%）比S亚型（约30%）更普遍，但研究人员发现S亚型是原始版本。虽然L亚型在武汉新冠肺炎暴发的早期阶段更为流行，但在2020年1月初之后，L亚型的出现频率有所下降。
研究人员猜测，人类的干预可能对L亚型施加了更严重的选择压力，因为L亚型可能更具侵略性、传播速度更快。另一方面，S亚型的进化时间更长、攻击性更弱，可能由于受到的选择压力相对较弱而增加了相对出现频率。