万马河生态保护区在《云南省植被区划》中，属“季风热带北缘季节雨林，半常绿季雨林地带，滇南、滇西南中山宽谷高榕、麻楝林亚区”。
地理座标北纬24°05′—24°33′54″东经98°26′40″—98°42′30″，为潞西市的东部山地，总面积690平方公里（225423亩），占潞西市土地总面积的23.1%，以保护热带山地森林生态系统和多种珍稀濒危物种为主体，属森林生态──生物资源保护，兼属生态──生物科考旅游的综合类型。万马河生态保护区在《云南省植被区划》中，属“季风热带北缘季节雨林，半常绿季雨林地带，滇南、滇西南中山宽谷高榕、麻楝林亚区”。热带北缘雨林是保护区的地带性植被类型，原生植被的植物群落高大茂密，植物种类丰富。经考察，区内的高等植物有2500多种，隶属250多个科，珍稀濒危植物，古老的和系统发育上重要的植物丰富而集中，列入1984年国务院公布的《国家重点保护野生植物名录》和1999年国务院公布的《国家重点保护野生植物名录》（第一批）的植物有27种，毛叶黑桫椤、桫椤、水蕨、苏铁蕨、云南苏铁、翠柏、南方红豆杉、红花木莲、琴叶风吹楠、瑞丽山龙眼、假山龙眼、水青树、盈江龙脑香、干果榄仁、滇桐、云南梧桐、顶果木、红椿、林生芒果、云南七叶树、云南兰果树、董棕、箭根薯、光叶天料木、锥头麻、云南菠萝蜜、毛叶紫树。主要的经济植物资源有：用材树种、药用植物、野生蔬菜植物、野生果品植物、野生花卉及观赏植物，还有纤维植物、色素植物、油料植物、香料植物以及多种竹笋和菌类植物。经济植物资源极为丰富。还有许多植物有待进一步研究鉴别。
保护区内有脊椎动物350种，其中：鱼类76种，两栖类14种，爬行类23种，鸟类205种，兽类32种，国家保护动物50种：一类9种，二类41种，有巨晰、蟒蛇、金雕、黑颈长尾雉、绿孔雀、蜂猴、熊猴、灰叶猴、豺、黑熊、水獭、豹、印支虎、水鹿、鬣羚等。万马河生态保护区是德宏州铜壁关自然保护区之后的第二大自然保护区，是潞西市野生植物资源、动物资源、水资源宝库、具有极高的科考价值和保护价值。