清心堂位于黄浦区大昌街30号的清心堂，原名“上海长老会第一会堂”，成立于清咸丰十年（1860年）。不久，美国差会开办清心书院（原址在今陆家浜路597号），该堂做礼拜就在书院内，故又称“清心堂”。信徒大多是书院的教职员工、家属和学生。清心堂初创阶段，堂牧由清心书院院长范约翰兼任。1919年，清心堂从清心学校迁出，择地建造新堂（即今址），1923年落成。新堂的礼堂建筑平面呈独特的“人”字形。清心堂曾办有清心中学（今上海市市南中学）、清心女子中学（今上海市第八中学）、圣经学院和普益社。
1958年，清心堂成为南市区联合礼拜场所。1979年9月9日，举行复堂礼拜。清心堂地处南市老城厢，信徒以劳动人民为主。1992年，该堂进行大修，同时新建二层楼小礼堂。1994年3月，清心堂被列为上海市建筑保护单位。
1860年3月（咸丰十年），范约翰和妻子范玛利从美国到达上海，在大南门外陆家浜创办上海长老会第一会堂（清心堂的前身）和清心男塾（LowrieInstitute，译名娄离华学堂，今上海市市南中学），次年又创办清心女塾（theMaryFarnhamGirls’School，今上海市第八中学）。教堂长期设在清心书院内的思鲍堂，信徒也大多是清心书院的师生，这些学生多是太平天国战乱避难来沪的难民儿童。1919年由李恒春牧师发起在附近的大佛厂街（今大昌街30号）建造清心堂，礼拜堂才从学校迁出，1923年元旦落成开堂，使用至今。教堂建筑平面呈独特的“人”字形，圣堂楼下，自正门至圣台间距离较短，而两翼呈直角又如扇形向左右延伸较长，早期为男女分开做礼拜。楼上楼下无一根柱子，平顶高悬，地面自边门至圣台略呈波形，在建筑上颇具特色。
据2005年11月16日《新民晚报》报道，著名物理学家李政道、刚刚故去的著名漫画家丁聪、商务印书馆的创始人夏瑞芳、鲍咸恩、鲍咸昌和高凤池都毕业于清心中学。夏瑞芳、高凤池和鲍氏兄弟在清心中学就读时已是好友，1897年2月他们在上海江西路德昌里创办了商务印书馆，英文名字“CommercialPress”，商标就是英文字母C和P中间一个“商”字，可以说商务印书馆是从清心中学里“出来”的。上海的闸北堂也与北长老会和商务印书馆有较深的血脉渊源，后文再叙。
清心女校也给后世留下不少掌故，其中一条很有意思。2008年2月1日《文汇报》的一篇回忆短文中，提到当年的清心女校对聘请教师规定很严，一定要是基督徒，而且是不结婚的，一旦结了婚，就要辞退。令人感兴趣的是，这种将“贤妻良母”与职业分离的选择，为何竟然出自受西方影响最深的女校？
2014年4月4日，上海市人民政府核定并公布清心堂为上海市文物保护单位（沪府发〔２０１４〕２９号）。