其实，剧情发展到第4集时就已经告诉大家了，只不过信息量很少，大家没有察觉。沈雨（赵丽颖饰演）的奇怪表现惹人生疑，大家都把凶手指向了沈雨。
“海舟案”背后的故事其实很简单，只是人一旦跨过了自己的心里防线，就会毫无底线的犯罪，这就是人性。
那么，《谁是凶手》最后的结局到底是什么？各大主角又会有怎样的结局，我们一起来看看吧。
沈雨劝父自首
“海舟案”的幕后真凶就是沈雨的父亲沈海洋。
肖华军的案子和“海舟案”并无关联，只是为了把沈雨牵扯出来。
通过沈海洋对沈雨写的信得知，他是因为杀人才会离家出走，如此推论，当年夏木的老师很有可能是被沈海洋杀害的。
沈海洋的妻子早早离世，他对爱情充满了向往，一直想有个家，想有个女人照顾自己的女儿，但事与愿违，他总是被拒绝，接连被对方背叛，久而久之心理扭曲。
于是，他杀害了曾和他在一起过的女人，来宣泄自己的不满。
沈雨为了帮助父亲逃走、掩盖真相，当上心理师，面对小兵和夏木的询问，她没有任何惧怕，心理师的经验让她练就了临危不乱的心里素质。
此外，沈雨在暗中调查夏木，因为当年夏木的老师，就是沈海洋的女朋友，本以为可以在一起了，但夏木的老师拒绝了沈海洋的求婚，让他产生了挫败感，就杀害了对方。
沈雨知道父亲已经走上了不归路，但毕竟是骨肉至亲，她选择帮助父亲。
夏木因为老师的离世遭受了巨大心理创伤，小兵也因为当年没能救下夏木的老师，心生愧疚，沈雨决定找到自己的父亲，劝他自首。
还受害者以及在“海舟案”中牺牲的工作人员一个真相。
沈雨的心不是石头做的，她看着发生的一切，也在做思想斗争，最终沈雨大义灭亲，揭发了父亲，让17年的悬疑案画上了句号。
夏木辞职离开
夏木本想做一个简答的小孩，老师的离奇死亡，让他产生了想要做刑警的念头，然而他在这一行很失落，这么多年都没能还老师一个公道。
在小兵的帮助下，两人开始查找真凶，夏木凭借自己的判断开始怀疑沈雨，通过这几个人的背景找到了共同点。
经过不懈努力，凶手终于抓捕归案，当看到凶手的那一刻，他的心结彻底打开，终于可以睡一个安稳觉了。
夏木完成了自己的愿望后，他决定辞职，离开海舟，重新找寻自己的生活，重头再来，去看看自己没有看过的世界，黑暗过后终于迎来了光明。
小兵立功升职
夏木质疑小兵这十几年什么都没有做，他打开了当年躲避的小木屋，里面全是小兵做的资料和收集的证据。
如果不是小兵掌握的资料，根本不会这么快结案，更不会把目标指向沈海洋。
小兵一直坚持自己的刑警梦，在“海舟案”中小兵功不可没。
在最后的结局中，小兵优秀的表现立下大功，升职了，成为单位的二把手，这是对他能力的肯定。
通过多年的锻炼，小兵再也不是当年那个胆小怕事的刑警，而是可以和坏人顽强对抗的人，他可以保护受害人，还受害者一个真相，这是对他刑警之路的历练，也是蜕变后最好的他。
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