为了加强深圳市重点实验室建设，规范实验室运行管理，根据国家、广东省和深圳市相关规定，深圳市科技创新委员会制定了《深圳市重点实验室建设和运行管理办法》（以下简称《管理办法》）。
一、制定背景
深入落实《国务院关于全面加强基础科学研究的若干意见和》《深圳市关于加强基础科学研究的实施办法》等文件精神，抢抓建设中国特色社会主义先行示范区和粤港澳大湾区建设重大机遇，推进深圳市高水平科研载体建设，优化深圳市重点实验室（以下简称市重点实验室）的建设和运行管理，推动综合性国家科学中心建设发展。
二、主要内容
《管理办法》七章共三十六条，主要包括：
（一）实验室类别：市重点实验室依托大学、科研院所和企业建设，实体化运作。根据依托单位不同，分为院校类实验室和企业类实验室。
（二）实施原则：遵循动态调整、定期评估、择优持续支持的原则，实行人财物相对独立的管理体制和“开放、流动、联合、竞争”运行机制。
（三）主体资格：申请单位应当是在深圳市及深汕特别合作区依法注册、具有独立法人资格的企业、高等院校、科研院所和社会组织或者是经市政府批准的其它机构。
（四）申报方式：市科技行政主管部门制定发布市重点实验室组建资助申请指南、市重点实验室筹建启动资助申请指南，明确申请条件、申请材料、资助数量、资助金额等内容。申请单位应当根据申请指南要求，提交相关申请材料。
（五）资助强度：采用事前无偿资助方式。对批准组建和筹建启动的市重点实验室，采取事前资助方式，实行定额资助，单个最高资助额500万元，企业类实验室资助额应当不高于项目总预算的50%。
（六）运行管理：市重点实验室实行依托单位领导下的主任负责制，具体负责重点实验室的建设、运行和日常管理，同时应当设立学术委员会，负责审议实验室的研究方向、研究内容、开放课题、重大学术活动及年度工作计划和总结。
市重点实验室应当在规定时间内提交上年度工作总结和本年度工作计划。需要更名、变更研究方向或者进行结构调整、重组的，应当由依托单位提出书面申请，经学术委员会论证，报主管部门审批。组建或者筹建启动完成后，依托单位应当按照相关程序向主管部门提交验收申请。
（七）考核评估：市科技行政主管部门制定考核评估指标，对市重点实验室进行定期评估，三年为一个考核评估周期。评估结果分为优秀、良好、合格、不合格四个等级。
三、主要特点
（一）深圳市重点实验室是深圳市科技创新体系的重要组成部分，是开展高水平基础研究和应用基础研究的核心平台，是聚集和培养优秀科技人才、开展高水平学术交流、配备先进科研装备、产出高水平科研成果的重要载体，是国家重点实验室、广东省重点实验室的培育基地。
（二）支持杰出人才筹建实验室。由未在已有市级重点实验室担任主任或者未在获得市财政稳定支持科研机构担任负责人，且在深圳市单位所属实验室全职从事科技创新工作的深圳市杰出人才（人才证应当在有效期内）担任主任的，可以按照申请指南要求，申请市重点实验室筹建启动资助。
（三）强化实验室评估考核。对市重点实验室以及纳入市级重点实验室管理序列的其他实验室进行定期评估，三年为一个考核评估周期。评估指标包括研究水平与贡献、队伍建设与人才培养、开放交流与运行管理等。
评估结果为优秀的，对院校类市重点实验室给予单个最高500万元奖励补助，企业类市重点实验室给予单个最高300万元奖励补助。评估结果为良好的，对院校类市重点实验室给予单个最高300万元奖励补助，企业类市重点实验室给予单个最高200万元奖励补助。评估结果为合格的，不提供财政经费奖励补助。评估结果为不合格的，责令整改，整改期一年。整改期满，评估结果仍为不合格的，取消市重点实验室资格，其依托单位5年内不得在同一领域申报市重点实验室组建资助。