金银岛一号沉船遗址位于西沙群岛永乐环礁金银岛西南面礁盘所在海域，东北距金银岛约960米，南距礁盘边缘约190米，靠近礁盘浪花线且水深浅，受水面风浪影响大，水中涌浪较急，水下工作时人员易受涌浪影响而来回漂动，难以固定、有效停留在遗址内的工作区域。南风天气时由于遗址南部直接面向外海，没有岛礁的遮挡，受风浪影响更甚。北风天气时遗址东北部的金银岛可以一定程度遮挡风力的影响，工作条件相对较好。金银岛一号沉船遗址所在海域海底大部分区域为壳状的珊瑚板岩，部分区域的珊瑚板岩上还覆盖有一层较薄的死鹿角珊瑚残段堆积。地形有一定起伏，北部较浅，南部略深，高平潮时北部水深1.5米，南部水深2.2米。遗址南部有东北-西南向的四道冲沟，冲沟内堆积有大量松散的死鹿角珊瑚残段和珊瑚沙，高平潮时沟底最大水深约6米，冲沟内散落有少量石质文物。
2018年金银岛一号沉船遗址水下考古重点调查仅发现一块船板，位于遗址西北部，埋藏于海床表面以下约0.3米处，船板以上覆盖有较多松散的鹿角珊瑚残段和小块珊瑚石。船板残长1.6、残宽0.1、厚0.06米，外表呈黑色，质地松软，多枚铁钉镶嵌其中，表面可见大量海洋生物蛀蚀的孔洞。船板以上及周围散落有大量陶瓷器碎片，船板所在区域海床表面还发现有一定数量的石质类文物。
金银岛一号沉船遗址以石质类文物为主要堆积，石质类文物之间还发现有少量陶瓷器碎片。遗址整体分布略呈南北向，分布范围南北长124米、东西宽72米。
遗址核心堆积区以北还发现一处陶瓷器碎片散落区，该区域陶瓷器碎片多发现于海床表面，以装饰连续成组变体寿字纹的青花瓷碗、盘居多，与核心堆积区石质类文物之间和船板上发现的青花瓷器碎片在釉色、器形及纹饰等方面基本一致，陶瓷器碎片散落区周围未见石质类文物，应是受到海浪冲刷从而远离遗址核心堆积区后形成的堆积，分布范围南北长65米、东西宽81米。
经过调查，金银岛一号沉船遗址共计发现石质类文物665件，皆散落分布于海床表面，大多数石质类文物表面附着有珊瑚和海洋生物。根据功用可以将金银岛一号沉船遗址发现的石质类文物分为建筑构件、-用器和船构件三类，其中以建筑构件为大宗，发现647件，有石板、石条、石柱、基座、须弥座、屋面盖板、地袱石、华拱、屋檐构件、石斗等，部分石质类文物浮雕有精美的花纹，花纹纹样有一瓶青莲纹、缠枝花卉纹、绶带纹等，-用器共发现15件，器类较少，主要有石磨盘、石砚、石擂钵、石杵等，船构件仅发现碇石3件。
金银岛一号沉船遗址残存的陶瓷器多为碎片，主要发现于石质类文物之间和船板附近，2018年水下调查共计提取瓷器标本47件，以青花为主，釉色较暗，略发黑，器类有碗、盘、盏、匙等，装饰纹样比较单一，多见成组连续的变体寿字纹，部分碗底可见“双泉”、“全兴”等押款，另有少量的五彩、青白釉和白釉瓷器残片。
金银岛一号沉船遗址虽然仅发现一块原生状态的船板，但船板附近分布有一定数量的陶瓷器碎片，且船板周围遗址表面发现的石质类文物分布也较为密集，因此该水下遗存应为沉船遗址无疑。金银岛一号沉船遗址石质类文物的种类、造型、装饰花纹以及青花瓷器碎片的釉色、器形、纹饰等都与珊瑚岛一号沉船遗址的同类器物非常相近，尤其是装饰连续成组变体寿字纹、器底有文字押款的青花瓷器在二处遗址皆有发现，这种青花瓷器在福建闽南地区德化、南靖、安溪等地窑址清代中晚期的遗存中也多有出土，因此金银岛一号沉船遗址的时代与珊瑚岛一号沉船遗址相近，为清代中晚期，其性质应为从福建闽南地区出发为东南亚地区华人移-输石作和陶瓷器的船舶在金银岛附近触礁沉没后形成的堆积，石质类文物中的建筑构件多用于建造宗庙或祠堂等。
金银岛一号沉船遗址船板的发现解决了珊瑚岛一号、浪花礁二号等以石质类文物为主要堆积形式的水下文化遗存的性质，众多水下遗物的发现也为海上丝绸之路等相关学术研究提供了新的实物资料。金银岛一号沉船遗址石柱上雕刻的一瓶青莲花纹、青花瓷器上“全兴”、“双泉”等押款和变体寿字纹纹样等充分体现了海外华人浓厚的乡土观念和对传统文化的坚持，为研究中国传统文化在东南亚等地的传播和影响提供了珍贵的资料，具有重要的历史和文化价值。
金银岛一号沉船遗址核心堆积区西北边缘发现有碇石三块，碇石周围没有发现其他相关的遗迹和遗物，但根据碇石的形状和尺寸推测此处有可能曾有更多的沉船。
2019年，金银岛沉船遗址列入第八批全国重点文物保护单位。
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