4月28日，法国巴斯德研究所发布新闻公告，该所已完成“法国输入性与早期传播病毒的朔源分析”相关研究，结果于近日以预发表形式发布在bioRxiv.org网站。根据该研究，法国暴发的新冠肺炎疫情并不是由1月份来自中国的输入病例引起的，也并非来自意大利，而是来自一种在当地传播的来源不明毒株。该研究由法国国家呼吸道感染病毒参考中心主任西尔维·范·德维尔和巴斯德研究所RNA病毒进化基因组学负责人埃蒂安·西蒙·洛里埃共同牵头。
根据巴斯德研究所提供的新闻稿，法国于1月10日开始病毒监测，由巴斯德研究所和法国呼吸病毒研究所（NRC）负责启动密切关注流程。法国于1月24日发现首例新冠病毒感染者，这也是欧洲首例新冠肺炎患者，另有其他两例中国输入性病人也很快得到检测和收治。法国政府迅速采取措施，追踪了这些患者的密切接触者，阻止了病毒的进一步传播。1月的中国输入病例没有在法国引发局部传播，显示出法国采取预防病毒扩散系列措施的有效性。
法国采集的新冠病毒样本均储存在国家呼吸病毒研究所，巴斯德研究所RNA病毒进化基因研究组对97份法国病毒样本进行基因测序与比对。样本主要为鼻咽拭子和痰液，采样时间为1月24日至3月24日。法国该阶段确诊病例22302人，死亡1100人，疫情主要流行于法国北部。全部样本均采自于有临床症状的确诊患者，同时将籍贯、旅行史、发病时间、病毒载量和采样部位纳入基因比对内容。另有3份来自阿尔及利亚病毒样本。
欧洲精准医疗平台首席科学家鞠丽雅对该溯源研究进行了解读：取自法国东南部并有意大利旅行史的病毒株（GE1583，B2340）与法国北部的不同，但与意大利北部流行株类似，而且没有在法国流行；法国首例来自中国的确诊患者（IDF0372），其单核酸多态性G22661T是独有的，与法国的所有病毒基因不同；法国北部地区的代表性病毒基因为GE1973（东大地区），IDF2849（大巴黎地区）和N2223（诺曼底地区）；有欧洲旅行史的代表基因为IDF2792；3份取自阿尔及利亚的病毒株与法国北部流行株同源。
巴斯德研究所将法国检测的样本序列与全球共享流感数据倡议组织（GISAID）发布的338份新冠肺炎病毒序列进行比对和溯源分析，并建立病毒进化树图谱。对比研究表明，法国流行的新冠病毒和1月发现的中国输入感染病毒并非来自同一毒株，两种病毒来自同一个“祖先”，但属于不同的分支。导致法国本地疫情的主流分支，与来自中国和意大利的输入病例都不相同。法国现今流行的病毒样本中，最早一个样本是2月19日从一名患者身上采集的，该患者没有国内外旅行史，也没有和海外归国的旅行者接触过。该患者于2月25日去世，随后法国出现大规模疫情潮。
鞠丽雅对记者表示，来自亚太地区（包括湖北武汉）的病毒株与法国病毒株没有关联；来自美国病毒株与法国的关联不大；法国北部流行病毒株均出自于同一原始株。用通俗的话来解释，法国新冠病毒是一个历史久远的大家族，和中国武汉的病例相隔甚远。
综合上述结果，巴斯德研究团队提出，由于最有代表性的基因型的最早病例并没有旅行史，意味着早在2月份欧洲疫情暴发之前，已经有病毒在法国和欧洲其他国家“悄然”流行，且大部分是轻症或无症状，因而长时间未发现。这项工作为法国病毒溯源提供了线索，并强调在无症状病例大量存在的情况下，遏制病毒传播面临挑战。
巴斯德研究所指出，许多国家的病毒取样工作仍然不完整，因此无法精确估算出法国新冠病毒的来源或输入时间。蒂安·西蒙·洛里埃说道：“根据我们的首次观察，法国流行的新冠病毒感染与无症状病例有关。对不同地区的新冠病毒进行测序很重要，能更好地了解法国新冠病毒的流行轨迹。”