马尾天主堂建筑群位于马尾麓三岐山，始建于1868年，为一建筑群，现存四处建筑（马尾天主教堂主楼、马尾天主教堂育婴堂、马尾天主教堂老人院、马尾天主教堂小修院）。
根据《马尾区志》记载，马尾天主教堂建筑群始建于清同治七年（1868年），原为西班牙神甫创办的小修院的宿舍；光绪十一年（1885年）以原房屋为基础创立马尾天主教堂，光绪二十九年（1903年）船政法籍监督杜业尔新建砖木结构的法国式新教堂。
马尾天主教堂建筑群现存的建筑均建于不同时期。
根据《马尾区志》记载，清同治五年(1866年)，马尾境内已有天主教活动。当时，船政大臣沈葆祯聘法国人日意格、德克碑为正、副监督；还聘雇洋匠。这些人大多携带家眷，而且多为天主教徒，法籍和英籍员工在洋匠房之左各建规模很小的教堂。
同治五年（1866年），西班牙神甫创办小修院。
同治七年（1868年），西班牙神甫在三岐山建石砌双层房屋为宿舍。他们合约期满回国后，房屋移交给天主教会。
光绪十一年(1885年)，以石屋为基础，创立马尾天主教堂，接纳和发展当地教徒。参加活动的除马尾境内外，尚有琯头(连江县)、尚干(闽侯县)、营前、洋屿(均为长乐县)等地教徒。由法国、西班牙神甫传教。教堂还创办育婴堂、仁慈堂。
光绪二十九年（1903年），船政法籍监督杜业尔在三岐山建砖木结构的法国式新教堂，以西班牙蒲锡恩为神甫。
民国37年(1948年)，外籍神甫相继回国，由林导明神甫主持活动，有教徒200人，以水上船民为主。
“文革-”期间，活动停止，天主教堂连同育婴堂、仁慈堂均被福建省马尾造船厂和福州第二十四中学作为职工(教工)宿舍。
中共十一届三中全会后，部分天主教徒自发恢复宗教活动，设2个家庭聚会点作为礼拜(星期日)聚会活动场所，有教徒60人。
1996年，修整天主教堂，教徒集中教堂做礼拜。1997年，有教徒200人。