杭州阮公祠为杭州市文物保护单位。
杭州阮公祠位于吴山元宝心60号，祀清浙江巡抚阮元。阮元（1764～1849），字伯元，号芸台，江苏仪征人。清代著名经学家、金石书法家，官至体仁阁大学士。曾任浙江学政、巡抚多年。其间疏浚西湖，修筑海塘，创办书院，颇有政绩。编有《十三经注疏》、《两浙金石志》等。该祠现存建筑为光绪五年（1879）由重阳庵改建而成，占地320平方米。面阔五间，硬山造，坐西朝东，通面宽20米，进深11米，六架前檐廊式砖木结构
。
2007年阮公祠重修。今重修后的阮公祠，长长的石阶直达门前，颇具气势。整个建筑由两侧厢房、大殿及跨院偏殿组成。大殿面阔五间，硬山造，坐西朝东，敞亮通透。
大殿布置成中堂形式，中立巨幅阮元线刻像，前置几案等。两侧壁间以四幅仿古绢画描写阮元在浙杭的主要事迹。并悬有阮元书法作品。另以展柜的形式，陈列阮元的年谱、书法作品，以及各种版本的阮元的主要著作。整个大殿给人以清静、高雅、简洁的印象。
保护范围：东、南至阮公祠院落围墙，东北至阮公祠院落围墙，西至堡坎，北至文物本体外扩约5米，总面积为1423平方米。
建设控制地带：东至吴山东麓山脚游步道，南至阮公祠院落围墙外扩30米并包含元宝心66号，西至吴山景区主干道路缘石线，北至保护范围外扩约20米，总面积为6716平方米。