钟楼坐落在钟楼广场，与四眼井相邻。1993年，钟楼被江苏省人民政府公布为省级文物保护单位。
钟楼始建于明代隆庆三年(1569年)，改建于明代崇帧十年(1637年)。楼身呈四方形，花岗岩条面基础，十分坚固；上下两层，结构精巧。周围围以长条杉木栅栏，回廊环抱，金壁杏墙，雕花额仿，三辅作斗拱，层层叠叠，纵横交错，支托着远伸外挑的飞檐楼顶。脊顶高耸，形似游龙；角背高悬，状如飞凤；翘檐反宇，势同腾翼。楼门西向，上刻“阿弥陀佛”四字，行书字体，神韵圆润，为本邑名家刘但吾所书。门内正中有石碑一座，品质石雕，屈足昂首，负重若轻。石碑正面刻有观音大士像，手执柳枝，脚踏南海碧波，白衣素裹，神采飘逸。身后一童子，背负葫芦，稚气可掬。寥寥几根线条，即勾画出一幅栩栩如生的佛像，实非大家高手所不能为也！石碑阴面，刻有明代隆庆年间知县张秉铎撰写的《崇圣寺钟楼记》，记述了钟楼建造经过和落成年月。石刻碑文为明代著名书画家周天球所书。楷书篆刻，圆转遒丽。从碑文剥落的字迹推测，正面的观音大士像亦当出自周天球之手。观音碑也被江苏省人民政府于1993年公布为省级文物保护单位。
钟楼上层的横梁上悬挂铜钟一座，高8尺，直径4尺余，重5000余斤。钟上铸有铭文。钟的上方为“愿佛庆众生”；下方为“颛帝心凫治枝”；东为“闻钟声罪孽轻”；男为“菩提长智慧生”；西为“辨昏晓喻警惕”；北为“感斯应昭人拯”。铭文揭示了钟的作用：即钟声可以使人自警、自律、自聪、自明，多做善事。相传悬挂铜钟时，梁柱不耐铜钟之重压，楼身摇晃不已。工匠们大惊失色，一筹莫展。正在无奈之时，来了一位白发童颜的老者。老者帮助挂好铜钟后，便从脚上脱下一只草鞋，垫在钟鏊梁木之间，钟楼遂稳然耸立，平安无恙。挂好钟，老者吩咐，待他走后三天方可敲钟，这样钟声可传遍天下。但崇圣寺和尚不耐三天的等待，待老者走后不到片刻便匆匆敲响了大钟。此时，老者刚刚走出10里，于是此钟只能声传10里。人们这才醒悟，那老者原来是上界神仙下凡。
明代，官府用“铜壶漏滴”报时，早晨卯时，晚上亥时，各呜钟108响。后有时钟报时，便在早晨6时、晚上10时两次呜钟。清代同治十年(1884年)，知县叶滋森重新修葺钟楼，并有记事的石碑砌在楼前面壁之下。据载，钟楼原有田产20亩，作为管理和维修钟楼的固定经费。后来，田产挪拨它用，经费便无着落，钟楼逐渐老化，钟声也悄然无闻。