南开大学历史学院文物与博物馆学系是由原历史系博物馆学专业扩建而成。博物馆学专业成立于1980年，在全国高等院校中最早成立。八十年代，南开大学面对改革开放的新形势，逐步建立起一系列应用文科专业。为了适应迅速发展的文博事业对于人才的需要，历史系成立了博物馆学专业教研室，并于成立当年开始招收本科生，1984年开始招收硕士研究生，1998年起开始招收博士研究生。2001年，文物与博物馆学系正式成立，设博物馆学、文物与考古学、艺术史三个教研室和中国博物馆学研究中心，并拥有一个文物标本室、文博实验室和南开大学博物馆。现在文物与博物馆学系可招收文物与博物馆学专业本科生，博物馆学、物质文化史、古文字与古器物学方向的硕士研究生，古文字与古器物学、考古文物与博物馆学、中国书画与美术史方向的博士研究生。
专业成立伊始，从当时的南开大学历史系及全国文物系统抽调了部分人员，组成了基本教师队伍，其中既有长期从事考古、文物博物馆实际工作的专家，也有历史文物教学方面的资深教师，首任专业教研室主任是著名先秦史专家王玉哲先生。
为加强教学力量，专业先后聘请文博系统著名专家学者多人，如傅振伦、史树青、孙机、李学勤、俞伟超、李辉柄、徐平芳等担任兼职教授，另外，文物界有更多的专家学者在南开博物馆专业担任过专业课任课教师。目前，南开博物馆专业拥有专职教师11人，其中博士生导师3人，教授3人，副教授3人，讲师4人。著名书画艺术家和文化艺术史学者范曾教授、中国历史博物馆馆长朱凤瀚教授、社会科学院考古所研究员著名考古学家徐苹芳教授担任本系博士生导师。经过多年的学科建设，师资阵容逐渐强大。
多年来，文物与博物馆学系的教师结合教学实践，在文博科研方面取得了令人瞩目的成绩，本系教师主持参与了多项国家、部委和天津市社会科学研究项目，论著、论文获得全国以及省市级奖励多项。在文博教材建设方面，由王玉哲教授主持编写的《中国古代物质文化》被教育部定为博物馆学专业基础教材，本系教师编写的《博物馆学研究参考资料》长期以来被视为理论博物馆学教学与研究方面的权威参考书籍。目前，本系在中国古代物质文化史研究、青铜与古文字研究、理论博物馆学研究、博物馆比较研究等方面在全国有重要影响。
南开博物馆学专业筚路蓝缕，探索适合中国博物馆实际工作的博物馆学教学途径，经过近二十年的努力，建立起完整的以物质文化史为基础，以博物馆学、文物学、考古学为主干的学科课程教学体系，为兄弟院校的课程设置提供了建设性的经验。目前，本系开设本科至博士生课程多门，基本涵盖文物、考古与博物馆学实际工作与科学研究的各个方面。
二十年来，南开博物馆专业为文博部门培养了数百名包括研究生、本科生、文博专科生、进修生在内的专业技术人员。其中许多人已经成为文物行政管理、文物考古专业研究方面的骨干力量，在我国文博界发挥着不可忽视的作用。
在全国各地文博单位的支持下，南开博物馆专业逐步建立了文物收藏陈列室、标本室、文博实验室等基础设施，改善了教学条件。经过多年努力和广泛搜集，文物收藏陈列室现已拥有包括国家一二级文物的藏品总量达三千多件，其中既有原南开大学的部分藏品，也有社会各界人士捐赠，更多的藏品是在专业成立之后，由教研室教师多方奔走，从全国各地文博部门调拨的，现有文物数量、质量和门类基本能够满足教学实践需要。1999-2001年，在国家教委211工程项目资金支持下，原博物馆学专业陈列室重新布置陈列，陈展面积达到500平方米，文物陈列、保藏、安全保护等条件较前有较大完善，在此基础上，建成南开大学博物馆，达到对外开放的水平。