为科学痴迷的日子
1960年5月，植生所向中科院院部申请成立上海微生物研究所，并获批。1960年冬，中科院决定贯彻精简政策，合并下放撤销部分研究所（室），同时精简大约50%的员工。1962年6月，新近成立、根基尚浅的上海微生物研究所又被并入植生所，沈善炯任植生所副所长兼微生物研究室主任。
在1959年至1964年的五年间，沈善炯亲历了微生物生理研究组从计划独立成室、独立成所到合并入植生所、继续进行微生物生化研究的过程，但他一直都在位于零陵路345号有机所大楼的四层办公，隶属关系的变化并没有影响到实验室的工作。甚至，沈善炯认为这五年的科研工作是一个整体，是他在国内从事科学研究最为意气风发的一个时期——他和研究生们在发现己糖分解新途径、发现葡萄糖异构酶、细菌转化因子与抗生素合成与时态控制研究等方面取得了显著成绩。对新的科学现象、科学原理的追求使他进入到一种如醉如痴的状态中。
这些成就显著的研究充分展现出沈善炯实验室思想自由、独立思考的良好作风，以及建立在相互学习、共同努力基础上的师生情谊。直到晚年，沈善炯都很怀念那段为科学痴迷的日子，并为这些优秀的学生感到骄傲。
1962年2月，因成绩突出，沈善炯作为青年科学家代表受邀参加在广州举行的全国科学技术工作会议，并参与《1963-1972年科学技术发展规划》（以下简称十年规划）的编制工作。同年夏，国家科委在北京民族饭店继续举行十年规划的制定会议，沈善炯再次受邀参加。会议期间，遗传学的规划引起了极大的争论，最后会议决定按遗传学的两大门派——摩尔根派和米丘林派，各自制定一个遗传学十年规划。
生物固氮照晚霞
1972年8月，全国科技工作会议在北京召开，会议决定由植生所负责分子遗传学的组织联系工作。1973年初，沈善炯着手组建生物固氮研究组，开始分子遗传学相关课题工作。
遗传学在近20年来突飞猛进，而被耽搁太多的沈善炯除了掌握一些基础知识之外，一切都要从零开始。为此，他成天泡在图书馆里，找寻、阅读、抄写遗传学文献，最终决定从生物固氮遗传着手，迎头赶上当代的遗传学研究。生物固氮组那些年轻成员也逐渐被前沿的科学知识所吸引，如饥似渴地跟随沈善炯学习和实验。
从1974年起，生物固氮组正式开始生物固氮遗传的研究工作。他们选用克氏肺炎杆菌作为研究材料，在短短的三年内，就发现了新的固氮基因，证明了固氮基因在克氏肺炎杆菌染色体上呈一簇排列，否定了国外科学家认为基因间存在“静止区”的观点。沈善炯将研究发现撰写成英文论文《克氏肺炎杆菌固氮系统的遗传学分析》，于1977年12月发表在《中国科学》上。国际上很快对这项研究成果作出回应，不少论文引用了它。该论文不仅是改革开放初期在我国发表的第一篇遗传学论文，也标志着遗传学在中国学术界的复苏。
1978年3月，全国科学大会在北京召开，标志着我国科技工作在历经磨难后终于迎来了“科学的春天”。这一年，沈善炯被正式平反，植生所分子遗传研究室正式成立。沈善炯担任植生所副所长，兼任该研究室主任，自此开始了在荒芜已久的科学园地上的第二次耕耘——他争分夺秒，想把损失掉的时间补回来……
1980年底，沈善炯当选为中国科学院学部委员。次年5月，沈善炯当选为生物学部常委。之后他多次应邀赴美国、印度、墨西哥、加拿大等国开会、讲学、作报告或访问研究，进行生物固氮与遗传学方面的学术交流活动。分子遗传研究室科研人员纷纷出国进修，也不断接纳国外来的合作人员前来研修。
经过几年的奋起直追，沈善炯领导的分子遗传研究室在固氮基因表达与遗传操控方面的研究赶上国际前沿水平，对nif基因的启动子的结构和调节研究也获得高度赞誉，研究室成为世界研究生物固氮的几个中心之一。
耄耋之年，沈善炯仍然坚持去办公室，跟大家讨论工作。看到分子遗传研究室的研究范围不断拓展，继任者不断引领自己开创的事业走向新的辉煌，沈善炯非常开心。他吟诵着朱自清先生的诗句，“但得夕阳无限好，何须惆怅近黄昏”，似乎忘了自己的年龄。（作者系中国科协信息中心副研究员）